这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。这边热热闹闹,游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。
晴朗时节,江户川柯南(高山南配音)和毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都,他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰,体验一把出海作战的感觉,期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海(柴咲幸配音)。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代,战舰上突然发现一条断掉的手臂,消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾,伺机盗取战舰上的绝密情报。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手,他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶,而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相,原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈,当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。
知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会,柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府,已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上,森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师,讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解,被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆,交谈中,他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美,并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。
少女椿(松井良彦配音)的母亲死于重病,没有亲戚愿意收留这个可怜的孩子,于是,椿跟随着卖花时结识的戴帽子的绅士来到了名为“赤猫座”的马戏团中,在这座破败荒芜的马戏团里进行表演的,都是一些或是残疾或是古怪的“异人”们,在这里,椿悲惨的遭到了他们的凌辱,沦为众人的奴隶,过着苦不堪言的生活。
松田启人(津村真琴配音)是一个热爱幻想的五年级男生,一次偶然中,启人捡到了一张神奇的卡片,这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界,在那里,启人遇见了基尔兽,此时的他并不知道,基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。
大门大意外地遇到了亚古兽,两人见面就大打出手,亚古兽战败后称大门大 为大哥,但是数码特搜部队(DATS)不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上,必需送回数码世界,而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗,大因此加入DATS,与淑乃及托玛组成小组,一同解决数码事件。 托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然,因此请假回到欧洲调查,发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼,也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界,他们见到了一个人类小孩——郁人,他自称数码兽,对人类怀有怨恨。
2002年,数码世界面临灭亡的危机!数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的,然而其中一位天使——基路比兽却叛变,这使得数码世界的平衡受到破坏,并开始崩溃……